南山区委教育工委下辖基层党组织共有358个，具体包括党委12个、党总支41个、党支部284个、联合党支部21个。其中，民办教育领域党组织53个，涵盖党委1个、党总支1个、党支部31个、联合党支部21个。

　　全系统现有党员6705名，其中在职党员5923名（含预备党员49名），离退休职工党员782名。党员队伍具体分布如下：

　　1. 机关、教育科学研究院、学前教育发展中心共设党支部5个，党员105名（含退休党员33名）；

　　2. 公办中小学106所，党员5542名（含退休党员699名）；

　　3. 公办幼儿园84所，党员652名（含退休党员21名）；

　　4. 民办单位129所，党员406名（含离退休职工党员29名），其中民办中小学12所，党员224名；民办幼儿园99所，党员150名；培训机构18所，党员32名。